Một trong những mục tiêu quan trọng của chương trình “Quản lý Nước thải và Chất thải rắn tại các Tỉnh lỵ” là giúp các công ty cung cấp dịch vụ thoát nước hoạt động trên nguyên tắc thương mại và thu nhập từ phí nước thải ít nhất có thể bù đắp toàn bộ các chi phí vận hành và bảo dưỡng. Việc xây dựng và áp dụng biểu phí thoát nước là nhằm đạt được mục tiêu trên. Hoạt động này cũng phù hợp với Nghị định 88/2007/ND-CP ngày 28 tháng 5 năm 2007 về thoát nước đô thị và khu công nghiệp.

Dưới sự hỗ trợ của Chương trình, các công ty đã thu thập các dữ liệu cần thiết cho việc xây dựng biểu phí thoát nước. Bản thảo tính phí thoát nước và đề án giới thiệu phí thoát nước của Sóc Trăng và Cần Thơ đã được hoàn tất và gửi xin ý kiến đóng góp của các bên hữu quan.

Để đẩy nhanh quá trình xây dựng và áp dụng biểu phí thoát nước, Bộ Xây dựng cùng với Chương trình sẽ tổ chức Hội thảo - ‘Những khó khăn trong việc áp dụng phí nước thải”, tại thành phố Hồ Chí Minh. Thời gian tổ chức hội thảo là ngày 20-21 tháng 04 năm 2010. Tham dự Hội thảo sẽ có các đại diện của các bộ như Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, Bộ Môi trường, Bộ Kế hoạch Đầu tư, đại diện của các công ty cung cấp dịch vụ thoát nước trong khuôn khổ của Chương trình cũng như các công ty ngoài Dự án như công ty cung cấp dịch vụ thoát nước của Quảng Ninh, Hải Phòng, Hà Nội, Quảng Bình, Đà Nẵng, thành phố Hồ Chí Minh, Vũng Tàu, Bình Dương, Đắc Lắc, và Lâm Đồng. Tại hội thảo, các đại biểu sẽ chia sẻ những kinh nghiệm, khó khăn, thuận lợi và bàn thảo các giải pháp cho quá trình xây dựng cũng như đề xuất áp dụng phí thoát nước.